Do warszawskiego ZOO (ul. Ratuszowa #1/3) prowadzą dwa wejścia: głównej od ul. Ratuszowej oraz od strony mostu Gdańskiego (czynne tylko w soboty, niedziele i święta). Między nimi wytyczona jest główna aleja. Większość budynków ze zwierzętami znajduje się po jej wschodniej stronie. Planowana jest budowa trzeciego wejścia, od pl. Hallera.
Ogród zoologiczny położony jest w dolinie Wisły. Od wiślanej plaży oddziela go jedynie ulica. Teren jest płaski. Kilkumetrowej wielkości wzniesienie znajdowało się przy wschodniej granicy ogrodu, gdzie wybudowano małpiarnię. Górka zbudowana była z gruntu zmieszanego z dużą ilością gruzu ceglanego, prawdopodobnie usypana po wojnie z gruzów zniszczonych budynków z terenu ogrodu i okolicy. Gruz ceglany pokrywa większą część terenu. Pod gruntami nasypowymi występują piaski wiślane, lokalnie przykryte osadami powodziowymi. Poziom zwierciadła wody gruntowej jest ściśle związany z poziomem wody w rzece. Wynosi od 0.35 do 1.70 m powyżej Wisły [17].