Powstał w 1816 roku z inicjatywy Aleksandry z Lubomirskich Potockiej w rozwidleniu Alei Wilanowskiej (dawniej Gościniec Królewski) i ul. Wiertniczej (dawniej Drogi Wilanowskiej). Założony został na planie koła i ogrodzony ażurowym drewnianym ogrodzeniem. Pośrodku koła wybudowano drewnianą kaplicę. Od kaplicy promieniście odchodzą alejki [6]. Cmentarz początkowo znajdował się wśród okolicznych pól. Łączył się z Wilanowem aleją wysadzaną lipami. W niedługim czasie ufundowano neogotycką kaplicę murowaną.
Groby były umieszczone z zachowaniem struktury społecznej. Centrum zajęli państwo, czyli neogotyckie mauzoleum Potockich. W sąsiedztwie spoczywali oficjaliści dworscy i ich rodziny, a w kręgu zewnętrznym włościanie i chłopi z okolicznych wsi [5]. Przez długi czas niewielka część cmentarza była wykorzystana. Nekropolia zaczęła się zapełniać mogiłami żołnierzy podczas powstania warszawskiego. Pochówki odbywały bez jakiegokolwiek ładu i składu, także za murem po stronie północnej i zachodniej [1].
Na cmentarzu można zobaczyć mogiłę Powstańców Styczniowych. Tu zostali pochowani wszyscy proboszczowie parafii św. Anny [6]. Na prawo od kaplicy, niedaleko ogrodzenia znajduje się kwatera dziecięca. Za granicami obecnie używanej części cmentarza, na zachód od kaplicy Potockich, znajduje się grupa nagrobków będąca fragmentem planowanego lapidarium [1]. W bardzo bliskim sąsiedztwie cmentarza, tuż za ogrodzeniem, była kwatera żołnierzy radzieckich. Byli to jeńcy wojenni z obozu w Wilanowie. Niemcy planowali szybką jego likwidację, więc żołnierzy uśmiercali zastrzykiem z trucizną. Po utworzeniu Mauzoleum Żołnierzy Radzieckich szczątki zostały tam przewiezione [6]. Obok nekropolii znajduje się też mogiła żołnierzy Armii Czerwonej, rozstrzelanych przez własne dowództwo za pomoc powstańcom oraz mogiła ofiar terroru PRL-owskiej Służby Bezpieczeństwa [1].
Na terenie cmentarza, około 20 m na południe od głównej bramy wejściowej znajduje się lipa drobnolistna, będąca pomnikiem przyrody [4].