Stacja Centrum Nauki Kopernik (stacja S11, C13 linii M2 [1]) znajduje się na głębokości 19 metrów (jest drugą najgłębiej położoną stacją II linii [19]) [6]. Stacja jest nietypowa. Składa się z dwóch korpusów, znajdujących się po dwóch stronach drogowego tunelu Wisłostrady i połączonych pod tym tunelem, na poziomie peronu, trzema równoległymi tunelami [29]. Miedzy stacjami Nowy Świat-Uniwersytet i Centrum Nauki Kopernik długość tunelu południowego wynosi 951 m, a długość tunelu północnego 947 m, natomiast między stacjami Centrum Nauki Kopernik i Stadion Narodowy są to odpowiednio długości 878.5 m i 865 m [6]. Jest to największa odległość międzystacyjna na centralnym odcinku metra [1] i charakteryzuje się największym spadkiem poziomu [19]. Od strony zachodniej znajdują się dwa wejścia przy ul. Wybrzeże Kościuszkowskie (oraz dwie windy), od strony wschodniej jedno wejście przy pomniku Syrenki (oraz jedna winda) [7]. Tylko jedno wejście zostało oszklone, zadaszenia dwóch pozostałych zostały usunięte z projektu pod koniec 2010 roku na żądanie konserwatora zabytków [1]. Wejścia łączy ze stacją 40-metrowy korytarz [17].
Stacja złożona jest z czterokondygnacyjnego podziemnego korpusu, którego płyta denna znajduje się na głębokości 25 m pod poziomem terenu [14] przerwanego ponad poziomem peronu przez tunel Wisłostrady. Na powierzchni znajduje się również czerpnio-wyrzutnia powietrza [15]. Korpus ma długość 144 m i szerokość 22.6 m. Kubatura wynosi 75368 m3, natomiast powierzchnia 8673 m2 [1]. Długość stacji wynosi 361 metrów, natomiast peron ma długość 120 metrów i szerokość 12 metrów [30]. Chociaż zaplanowano całość jako węzeł komunikacyjny, zrezygnowano z połączenia stacji metra z podziemnymi przystankami autobusowymi w tunelu Wisłostrady. Aby zapewnić doprowadzenie naturalnego światła na peron, zaprojektowano świetliki. Kondygnację -2 przeznaczono na funkcje użytkowe [13].
Poziomy łączą najdłuższe schody ruchome na centralnym odcinku II linii metra [30]. Ich długość wynosi 40,41 metrów bieżących. Pokonują różnicę poziomów 17.53 m, a ich prędkość nominalna to 0.65 m/s (dla większość urządzeń w Polsce prędkość, warunkowana parametrami i przepisami, wynosi 0.5 m/s) [36]. W momencie oddania były to najdłuższe schody ruchome w Polsce [1].
Płyta fundamentowa posiada konstrukcję rzadko spotykaną na warszawskich budowach. Poniżej płyty ułożono warstwę filtracyjną z tłucznia otoczonego geowłókniną. Płyta o grubości 1.4 metra nie jest sztywno połączona ze ścianami szczelinowymi. W miejscach styku ścian z płytą zaplanowano specjalne wnęki. Plusem tej metody jest brak konieczności wykuwania bruzdy do łączenia zbrojenia [16]. Obiekt jest chroniony przed zalaniem. Wszystkie otwory stacji, a w szczególności hale wejściowe i hale wentylatorów, umieszczono powyżej granicy wody dwustuletniej [1].
Budowa geologiczna w miejscu budowy należy do złożonych. Poniżej warstwy gruntów antropogenicznych o miąższości prawie 10 metrów zalegają piaski średnie w stanie średnio zagęszczonym. Głębiej rozpoznano iły plioceńskie, których strop wykazuje znaczne zaburzenia na skutek erozji oraz przekształceń galcitektonicznych [14]. Problemem są też soczewki gruntów piaszczystych w obrębie utworów spoistych, gdzie grunt jest zaburzony przez przejście lodowca. W takim miejscu nawet w sąsiadujących miejscach mogą występować odmienne warunki wodno-gruntowe [21].
Według liczników bramek biletowych wynika, że stacja jest najmniej popularnym przystankiem na całej linii [1].
Nazwa
Według pierwotnych planów, stacja miała nosić nazwę Powiśle. W 2012 roku uwzględniono propozycję nowej nazwy Centrum Nauki Kopernik [12].
Wnętrza
W 2007 roku Wojciech Fangor opracował wystrój stacji. Na całej długości ścian (120 m) umieszczono kolorową nazwę wypisaną kursywą, zgodnie z kierunkiem wjazdu pociągu (podobnie jak na pozostałych stacjach I etapu II linii). Materiałem miała być blacha emaliowana [11]. Miasto zaakceptowało projekt, lecz później samodzielnie zmodyfikowało. Grafiki miały zostać wykonane na szkle, a na ścianach zaplanowano reklamy. Fangor zaprotestował i skierował sprawę do sądu. W 2014 roku doszło do ugody. Zakładała ona, że artysta będzie osobiście nadzorował detale oraz uwzględni nową nazwę stacji [11].
Szklane okładziny utrzymane są w kolorze turkusowym [30]. Znajduje to odzwierciedlenie w barwie szklanego wejścia (motylka), na suficie oraz ścianach zatorowych na peronie. Podwieszany sufit, jak na innych stacjach, tworzą pofalowane aluminiowe kubiki [29].
Na odcinku pod tunelem Wisłostrady peron składa się z trzech równoległych i połączonych ze sobą zaokrąglonych tuneli. Zamiast kolumn kielichowych znajdują się otwory wykute pomiędzy wcześniej drążonymi tunelami. Szyby schodów ruchomych tworzą półokrągłe szklane tunele z nieregularnie rozmieszczonymi punktami świetlnymi. Nad zachodnim szybem znajduje się świetlik wpuszczający światło naturalne na peron. Analogiczna konstrukcja miała znajdować się na głowicy wschodniej, jednak została usunięta z projektu ze względu na bezpośrednie zagrożenie powodzią [1]. Styl architektoniczny stacji to brutalizm [20].