Skwer imienia Stanisława Jankowskiego Agatona, architekta i urbanisty, oficera Wojska Polskiego [5] znajduje się na Powiślu. Jest to właściwie niewielki park, dość licznie porośnięty drzewami. Na samym środku regularnie koszonego trawnika jeszcze na początku XXI wieku rosły pokrzywy, łopiany, mierznice, nawłoć, tworząc spory obszar zupełnie dzikiej łąki. Wokół było mnóstwo owadów, w tym motyle i ważki [5].

W 1790 roku był to jeszcze teren zalewowy. Na obszarze skweru znajdowały się wtedy pojedyncze zabudowania.

Przez około 400 lat funkcję warszawskiego wysypiska śmieci pełniła Gnojna Góra przy Starym Mieście [13]. Około 1743 roku marszałek Franciszek Bieliński na terenie skarbowym umieścił Komendę Karową u podnóża ulicy, nazywanej później od ul. Karową. Nazwa pochodziła od kar [10], czyli dwukołowych wozów, służących do wywożenia nieczystości stałych z miasta nad Wisłę [11]. Od 1814 roku na terenie Skweru Agatona od ul. Karowej działał Magazyn Karowy, będący bazą dla kar.

Na początku lat 20-tych XIX wieku na południe od skweru została wytyczona ul. Gęsta, będąca przedłużeniem w stronę Wisły koryta skanalizowanego wcześniej strumienia (około1750 roku). W tym czasie ulica posiadała wyłącznie drewnianą zabudowę. Około 1822 roku pod numerem 8/12 wybudowano niewielką kamieniczkę należącą do p. Gaduszewskiego. Do połowy XIX wieku był to jedyny murowany budynek przy ulicy [19].

W połowie XIX wieku powstała w Warszawie sieć wodociągowa. Stacja pomp Wodociągów Miejskich została przy zlokalizowana przy ul. Karowej od strony Wisły, a osadniki i filtry przy zbiegu ul. Karowej i ul. Dobrej, w sąsiedztwie Magazynu Karowego [20], gdyż wodę oczyszczano wstępnie przepuszczając przez odpowiednie filtry mechaniczne (cedzidła) oraz przetrzymując w osadnikach (sadzawkach) [21]. Wodociąg rozpoczął pracę w 1855 roku (na planie z 1856 roku znajdowały się w północnej części współczesnego skweru dwa zbiorniki wodne). W końcu XIX wieku wodociąg dostarczał 14150 m3 wody na dobę do wieży ciśnień w Ogrodzie Saskim [20], do czasu wybudowania wodociągów Lindleya.

1 stycznia 1853 roku Magazyn Karowy przeszedł we władanie miasta. Z czasem kolejne służby: wodociągowa, kanalizacyjna i drogowa, otrzymały bazy w innych miejscach. Najdłużej przy ul. Karowej 3/5 działał Zakład Oczyszczania Miasta [10]. Narożny budynek zarządu przy ul. Browarnej #28 róg ul. Karowej #3 powstał około 1910 roku [1].

Oprócz Magazynu Karowego od ul. Karowej w kwartale, gdzie znajduje się obecnie skwer, w dwudziestoleciu międzywojennym była gęsta zabudowa, którą tworzyły kamienice o adresach: ul. Browarna #14, #16, #18, #20, #22, #24, 26, 28, ul. Dobra #61, #63, #65, #67, #69 i #71 oraz ul. Gęsta 2, #4, 6, #8, #10 i #12.

Posiadaczem posesji przy ul. Gęstej #2 w XIX wieku był p. Ignacy Lange [14]. W 1937 roku nieruchomość przy ul. Gęstej #6 miała przejść w egzekucji komorniczej z Kazimierza-Zbigniewa Szwoynickiego na rzecz Korduli-Sabiny Ptaszyńskiej [16]. Przy ul. Browarnej #26 działała herbaciarnia, którą prowadził Szejnberg Jenta [18]. Działający przy ul. Karowej #3/5 Zakład Oczyszczania Miasta 1 lipca 1927 roku [10] został przekształcony w samodzielne przedsiębiorstwo, odpowiedzialne za utrzymanie czystości na ulicach i placach oraz usuwanie odpadów komunalnych [13]. Kary zastąpiono taborem zmotoryzowanym [10]. W centralnym miejscu zakładu znajdowała się wiata [11].

We wrześniu 1939 roku w piwnicy przy ul. Karowej 3 zorganizowano prowizoryczny punkt opatrunkowy [12].

W budynku przy ul. Gęstej 4 zakonnice miały urządzić na czas Powstania Warszawskiego szpital [15]. Budynek przy ul. Dobrej 67 zajmowało III zgrupowanie [17], jednak większość terenu była broniona przez 4. kompanię VIII Zgrupowania [22]. Podczas walk był to teren zajmowany przez Powstańców i przebiegała przez niego linia frontu. Silny był zwłaszcza ostrzał Niemców z terenu Uniwersytetu. Cała zabudowa, w tym tabor i baza ZOM zostały w 1944 roku zniszczone.

Po kapitulacji Powstania budynek przy ul. Browarnej 16 był miejscem zgromadzenia, gdzie Dirlewangerowcy segregowali ludzi do obozów [23].

Po wojnie ZOM przekształcił się w Miejskie Przedsiębiorstwo Oczyszczania już w innej lokalizacji [13]. Zwarta zabudowa kwartału nie została odbudowana i powstał w tym miejscu ogólnodostępny plac, porośnięty drzewami, początkowo w południowo-zachodnim narożniku, następnie na całej powierzchni.

W 2009 roku radni Dzielnicy Śródmieście podjęli decyzję, aby skwer nazwać imieniem Stanisława Jankowskiego ps. Agaton. Z taką inicjatywą wystąpili w rok wcześniej członkowie Towarzystwa Urbanistów Polskich [6].

W 2014 roku na terenie skweru funkcjonowała kawiarnia 500 Palet. Większość elementów wystroju kawiarni była drewniana i postała z palet, w tym drewniany podest, bar, fotele czy stoliki. W weekendy odbywały się tu koncerty muzyczne [8].

Skwer formalnie tworzą dwie działki. Większość należy do miasta, ale od ul. Browarnej w park wcina się pas gruntu szeroki na 15 metrów i długi na blisko 70 metrów (przedwojenna posesja Browarna 18) [3]. Do połowy marca 2017 roku obie działki były połączone, tworząc ogólnodostępny teren. Na mniejszej działce rosło kilkanaście drzew, głównie topole, kasztanowce i klony. Jednak wiosną 2017 roku prywatny właściciel, który odzyskał mniejszą posesję, wyciął na niej drzewa, a następnie otoczył ją betonowym ogrodzeniem [2] o wysokości prawie dwóch metrów. Od strony ulicy pojawiła się siatka z furtką [4]. Wywołało to oburzenie mieszkańców i aktywistów, odbyło się jednak w zgodzie z prawem [3]. Podobno właściciel trzykrotnie bezskutecznie proponował miastu wykupienie placu [9], po czym wystawił działkę na sprzedaż [4] za 5 mln złotych [7].