Pasażerska stacja kolejowa Warszawa Rembertów znajduje się przy ul. Cyrulików. Składa się z jednego wysokiego peronu wyspowego o długości 200 m, posiadającego dwie krawędzie peronowe. Na peronie są dwa niewielkie zadaszenia, kiosk oraz długi, trzyczęściowy, parterowy budynek stacyjny [1]. Mieści się w nim poczekalnia oraz sklep (są automaty, brak obecnie czynnej kasy biletowej [6]). Peron jest nieco krótszy niż standardowy (mieści 8 wagonów, standardem dla linii jest 9) [21].

W 2018 roku stacja obsługiwała około 5800 pasażerów na dobę [1], a przez stację przejeżdżało w 2021 roku około 200 pociągów dziennie [5].

W obrębie stacji znajdują się dwa przejścia podziemne, przystosowane do osób niepełnosprawnych. Pierwsze pozwala na wyjście z peronu stacji w stronę al. gen. Chruściela oraz w stronę ul. Marsa. Drugie znajduje się 700 metrów na wschód, na wysokości ul. Republikańskiej i jest zwykłym przejściem pod torami. Po zachodniej stronie peronu jest się przejazd kolejowo-drogowy w ciągu ul. Marsa. Jest zabezpieczony rogatkami i obsługiwany przez dróżnika [1].

Warszawa Rembertów to stacja węzłowa na wjeździe do Warszawskiego Węzła Kolejowego. Tutaj następuje oddzielenie pasażerskiego ruchu dalekobieżnego od regionalnego, poprzez osobną, dwutorową linię w kierunku Warszawy Wschodniej. Rozpoczynają się tu także dwie jednotorowe łącznice, prowadzące do stacji Warszawa Wschodnia Towarowa [3]. Przez stację pasażerską przebiegają dwa tory przelotowe linii kolejowej nr 2 Warszawa Zachodnia – Terespol (nr 1 i 2), dwa tory linii kolejowej nr 448 Warszawa Zachodnia – Warszawa Rembertów (nr 3 i 4) [1]. Tory dla pociągów pośpiesznych, są odsunięte od peronów [21]. Stacja znajduje się na jedenastym kilometrze obu linii [6]. Ponieważ tu zaczynają się rozjazdy dla stacji Warszawa Wschodnia, pociągi muszą zwalniać [21].

Część towarową stacji należącą do PKP Cargo zlokalizowano na zachód od części pasażerskiej. Ciągnie się aż do wiaduktu ul. Żołnierskiej. Jest tu plac wyładunkowy o długości 841 m oraz rampa ładunkowa boczna [1]. W części towarowej są: tor odstawczy (nr 20) umożliwiający zmianę kierunku jazdy przez EZT [3], bocznice po stronie północnej torów, tor łącznicy kolejowej nr 546 Warszawa Wschodnia Towarowa – Warszawa Rembertów (nr 8), trzy bocznice manewrowe (nr 8, 10 i 12), bocznica EC Kawęczyn, trzy bocznice towarowe (tor 14, 16, 18), tor linii kolejowej nr 449 Warszawa Rembertów – Zielonka, dwie bocznice wojskowe (nr 111, 112, 113), bocznice po stronie południowej torów i tor toru łączącego nr 901 Warszawa Wschodnia Towarowa – Warszawa Rembertów [1]. W najszerszej części infrastruktura posiada sześć torów głównych, przez większość długości są cztery tory główne [11].

Pomiędzy częścią towarową i pasażerską znajduje się nastawnia dysponująca "Rm". Kieruje ruchem na obszarze stacji poprzez semafory świetlne [1]. Nastawnia posiada urządzenia komputerowe typu Ebilock [3].

Stacja w Rembertowie powstała w 1866 roku w ramach budowy Drogi Żelaznej Warszawsko-Terespolskiej [2]. W 1888 roku Rosjanie utworzyli w okolicy poligon artyleryjski, a nazwa Rembertów może nawiązywać do nazwiska Remberta, francuskiego producenta parowozów, którymi zwożono sprzęt na poligon [15].

Pierwszy budynek stacyjny zaprojektował zespół pod przewodnictwem architekta Alfonsa Ferdynanda Kropiwnickiego. Stacja miała wtedy peron niskopoziomowy, a zabudowania znajdowały się po stronie południowej [14]. Istniała również wieża wodna [21].

Stacja została zmodernizowana w latach 1933-1936 (1930-1933 [14]) w trakcie elektryfikacji linii do Mińska Mazowieckiego. Zbudowano wówczas wysokopoziomowy peron wyspowy z charakterystyczną wiatą i przejściem podziemnym [2]. Modernistyczna, skrzydlata wiata została zaprojektowana przez zespół Kazimierza Centnerszwera z Biura Projektów i Studiów PKP i przypominała zachowane do dziś obiekty na trasie linii do Otwocka [17]. Peron z budynkiem stacyjnym z charakterystycznymi łukowatymi daszkami znajdował się od ul. Cyrulików (wówczas ul. Żwirki) [14].

W Zielonce i Rembertowie w okresie międzywojennym istniała sieć wojskowych linii wąskotorowych o prześwicie 750 mm. W Rembertowie ułożono tor wąskotorowy między bramą Centrum Wyszkolenia Piechoty i stacją PKP Rembertów. Na tym krótkim odcinku realizowano przewóz osób cywilnych. Mieszkańcy nazywali kolejkę potocznie Rembertowskim Tramwajem. Zaplecze techniczne umiejscowiono na zamkniętym terenie wojskowym. Istniała tam wąskotorowa lokomotywownia wyposażona m.in. w talerzową obrotnicę. Oprócz wózków spalinowych pracowały na tu lokomotywy spalinowe małej mocy. Na szlaku istniało kilka bocznic do schronów ćwiczebnych. Na zbudowanej z lekkich szyn linii mogły kursować składy liczące maksymalnie 10 osi. Linię, podobnie jak linię ze stacją PKP Zielonka, zbudował Batalion Silnikowy z Modlina. Obie linie były ze sobą połączone, początkowo zapewne w miejscu, w którym poprowadzono później linię normalnotorową z Zielonki do Rembertowa. Po jej powstaniu w 1933 roku konieczne stało się wybudowanie nowego połączenia obu kolei, które wykonał również Batalion Silnikowy w rejonie Kalińskich Mostów. W 1936 roku obie sieci liczyły łącznie 38 km długości [20].

Stacja w Rembertowie została uznana przez Niemców za cel strategiczny, wytypowany do zniszczenia w pierwszej kolejności. Wynikało to z istnienia w okolicy obiektów wojskowych [17]. Stacja została zbombardowana 5 września 1939 roku, bomby trafiły jednak w budynek cukierni Ziemiańska na rogu ul. Cyrulików i ul. Piłsudskiego [14].

Latem 1944 roku stacja uległa zniszczeniu wskutek zbombardowania i ostrzału artyleryjskiego, a resztki zabudowań na peronie stacji i tory wysadzili wycofujący się Niemcy [14].

Wiatę i peron odbudowano po wojnie według nieco zmienionego projektu. Otrzymała nieco inny kształt dachu oraz wygląd pawilonu mieszczącego poczekalnię [2].

Na końcu peronu od strony wschodniej [14] znajdował się budynek mieszczący nastawnię dysponującą [2]. Pod wiaduktem ul. Żołnierskiej i obok przejścia pod torami na ul. Republikańskiej znajdowały się dwie nastawnie wykonawcze. Obecna nastawnia dysponująca była wówczas czwartą nastawnią, manewrową (obsługującą tory żwirowni) [21].

W 1959 roku stacja Rembertów zmieniła nazwę na Warszawa Rembertów [21].

W 70-tych XX wieku w nastawnię dysponującą za peronem (za nastawnią znajdowały się tory postojowe) wjechała lokomotywa elektryczna, która nie wyhamowała [1]. Nastawnia została zniszczona.

Początkowo istniały w odległości zaledwie ok. 130 metrów od siebie dwa przejazdy. W 1977 roku jeden z nich, pomiędzy al. Chruściela i ul. Marsa, został zamknięty [8].

Między 1996 i 1997 rokiem rozpoczęto modernizację infrastruktury stacji. Stare, mechaniczne urządzenia sterowania ruchem kolejowym zastąpiono elektronicznymi. Zlikwidowano tor nr 5 (jedyna pamiątka po nim to żeberka ochronne), rozjazdy angielskie oraz wiele torów postojowych. Nastawnia wykonawcza w stronę ul. Ułańskiej straciła swoją funkcję i powstał w niej sklep budowlany [21].

W latach 1997-2000 w ramach modernizacji linii kolejowej Warszawa-Siedlce zburzono peron, wiatę i nastawnię dysponującą, zastępując nowymi obiektami [2], mało estetycznymi blaszanymi wiatami [5].

W 2008 roku ZTM planował stworzenie przy stacji parkingu Parkuj i Jedź, jednak w związku z protestami mieszkańców pomysł został zarzucony [6].

W 2013 roku dokonano zwiększenia maksymalnej prędkości przejazdu przez stację z 80 km/h do 120 km/h. W latach 2015-2017 została przebudowana głowica rozjazdowa od strony Zielonki, umożliwiając wjazd z prędkością do 80 km/h na linię nr 449 oraz przejazd z torów linii nr 2 w perony (i odwrotnie) [3]. Wcześniej tory główne przebiegały przy peronach, a tory dla pociągów pośpiesznych, przebiegające z dala od peronów, były torami dodatkowymi. Po przebudowie nastąpiła zamiana [21]. Mimo kompleksowej modernizacji stacja nadal stanowi wąskie gardło, spowodowane rozjazdami pozwalającymi w większości na jazdę z prędkością do 40 km/h [3]. W niezrealizowanych planach na 2012 rok było dostosowanie 60 km torów na trasie Rembertów-Tłuszcz do prędkości 200 km/h za ok. 2 mld zł [13].

Około 2015 roku naprawione zostało ogrodzenie stacji, zamontowano nowe tablice informacyjne, naprawiono i pomalowano ławki na peronie i przy wyjściach z tunelu. Wyremontowano wiaty peronowe. Koszt inwestycji wyniósł 600 tys. złotych [12].

W połowie sierpnia 2021 roku kolej zdemontowała wyświetlacze klapkowe, popularnie zwane pragotronami. Brakowało części zamiennych, a częste usterki powodowały błędne wskazania [4].

W planach na lata 2022-2023 była budowa bezkolizyjnego przejazdu kolejowo-drogowego oraz przebudowa peronu. Miała powstać długa wiata (ponad 100 metrów), nowe ławki i tablice informacyjne [5]. Projekt nie wszedł w fazę realizacji.