Parafia Miłosierdzia Bożego mieści się w świątyni pod tym samym wezwaniem przy ul. Ateńskej #12 [1]. Pierwszym proboszczem był Jerzy Banak (2002-2007), a następnymi Zygmunt Podstawka (2007-2009) i Andrzej Dybek (2009-) [1]. Parafia liczy ok. 10000 wiernych [7].

Kościół o nowoczesnej architekturze wyróżnia się imponującym krzyżem w fasadzie frontowej [3]. Do wnętrza prowadzą trzy pary drzwi z blaszanymi spadami nad każdym z wejść. Po obu stronach krzyża są po cztery pary wąskich pionowych okien. Wzdłuż elewacji bocznych, przy podporach, ciągną się podcienia. W tylnej część jest nieco niższa, dobudowana część.

Wnętrze kościoła jest surowe, jednonawowe. Ozdobą świątyni są witraże w oknach [3]. Wzdłuż ścian bocznych prowadzi galeria. W lutym 2021 roku na balustradzie po prawej stronie została umieszczona kopia Całunu Turyńskiego, która dotychczas znajdowała się w kaplicy na plebanii. Całun jest pamiątką ofiarowaną przez p. Tadeusza Krajewskiego w 2003 roku, pobłogosławioną przez św. Jana Pawła II. Była to pierwsza kopia całunu w Polsce i szesnasta w momencie udostępnienia wiernym [8].

W marcu 2021 roku został wykonany ołtarz główny. Jest to stylizowane z drewna połączenie krzyża z tabernakulum. W bocznych partiach ołtarza znajdują się dwie wnęki na rzeźby albo kwiaty, a w środkowej części fragment skały z Golgoty Jerozolimskiej na której stał krzyż Jezusa (dar Ks. Płk Leonarda Sadowskiego). Nad ołtarzem głównym znajduje się krzyż, a u jego podstawy, na belce stoją figury św. Jana Apostoła i Matki Bożej Bolesnej. Ołtarz został wykonany z drewna olchowego według projektu Marka Kowalskiego [8].

Ołtarze boczne wykonano w tej samej stylistyce co ołtarz główny. Ołtarz po prawej stronie zawiera obraz Jezu ufam Tobie oraz dwa mniejsze (św. Faustyny i św. Jana Pawła II). Pod nimi są wnęki na relikwie. Ołtarz po lewej stronie zawiera obraz Matki Bożej Częstochowskiej, a poniżej pięć wnęk na relikwie. W 2019 roku umieszczono w świątyni relikwie św. Charbela. W kościele znajduje się również obraz tego świętego, który namalowała pani Ciszewska [5].

Przed domem parafialnym stoi pomnik Jana Pawła II [1].

Przed budową kościoła mieściły się tutaj tereny rekreacyjne i sportowe mieszkańców pobliskiego Osiedla Ateńska [1], a wcześniej teren nie był zagospodarowany.

Ośrodek duszpasterski powstał dzięki staraniom ks. prałata Stanisława Rawskiego, który w czerwcu 1994 roku otrzymał misję zorganizowania nowej parafii. 25 stycznia 1995 roku otrzymano pozwolenie na zagospodarowanie terenu [2], a 23 maja 1995 roku udało się go formalnie pozyskać [7]. W 1996 roku do pomocy przy budowie kościoła został oddelegowany ks. Andrzej Kuflikowski [2].

W kwietniu 1997 roku podczas pielgrzymki ks. Kuflikowskiego do Rzymu Jan Paweł II poświęcił obraz oraz kamień węgielny [8]. 31 października 1997 roku na placu budowy został postawiony krzyż [8], pod którym codziennie o 15.00 odmawiana była koronka do Miłosierdzia Bożego [4].

1 września 1997 roku rozpoczęto prace przy wznoszeniu budynku, w którym znalazła się [2] kaplica św. Faustyny o wymiarach 18 x 33 metry oraz dom parafialny, stanowiące filię parafii rzymskokatolickiej Matki Bożej Nieustającej Pomocy. 6 września 1998 roku (5 września 1999 roku [2]) biskup Kazimierz Romaniuk dokonał ich poświęcenia [1] i odprawił pierwszą mszę świętą [2].

Budowa kościoła według projektu Macieja Krasińskiego (we współpracy z Grażyną i Jerzym Kropczyńskimi [6]) i jego wyposażenie trwała trzy lata [2] i była jedną z najszybszych w Warszawie. 7 kwietnia 2002 roku [1] Biskup Kazimierz Romaniuk dokonał konsekracji świątyni [2], a 29 czerwca 2002 roku erygował nową parafię [1].

W latach 2002-2007 parafia była miejscem ekumenicznych spotkań przedstawicieli kościołów chrześcijańskich z Polski i zagranicy organizowanych w ramach Ekumenicznych Dni Biblijnych (m.in. Adwentystów Dnia Siódmego i protestanckich) [1].

18 września 2019 roku miało miejsce uroczyste wprowadzenie relikwii świętego Charbela. Mszę świętą celebrował w języku włoskim ojciec Toni Eid z Libanu z klasztoru Maronitów z miejscowości Annaya [5].